Der „Masterplan Wanderfische Rhein“ aus dem Jahr 2009 (IKSR-Bericht Nr. 179) wurde aufgrund neuer Entwicklungen und Erkenntnisse aktualisiert. Komplementäre Maßnahmen wie die Evaluierung und Kontrolle von Fischwanderhilfen, von Maßnahmen gegen illegale Fischerei und von Besatzstrategien sowie der vermehrte Bezug zu anderen Fischarten als Lachs und Meerforelle wurden ergänzt. Außerdem berücksichtigt wurden die seit dem Jahr 2013 in der Schweiz identifizierten 200 ha Lachsjungfischhabitate im Aare-Einzugsgebiet und den Hochrheinzuflüssen unterhalb der Aaremündung, die das ausgewiesene Lachs- und Jungfischhabitat in den Programmgewässern im Rheineinzugsgebiet auf 1200 ha erweitern. Ein neues Kapitel zum Stand der Kenntnisse und Schutztechniken für den Fischabstieg wurde ebenfalls eingefügt.
In einem Bilanzkapitel wird die bisherige Umsetzung der wichtigsten Maßnahmen und Empfehlungen, die im Masterplan 2009 genannt wurden, dargestellt.
Das übergeordnete Ziel des Masterplans Wanderfische ist weiterhin, sich selbst reproduzierende stabile Wanderfischpopulationen im Rheineinzugsgebiet zu erhalten.