Das Makrozoobenthos (an der Gewässersohle lebende Wirbellose) zeigt durch seine Artenzusammensetzung und die Dominanzverhältnisse die Wasserqualität und die Quantität und Qualität der Habitatstrukturen im Gewässer an. Insgesamt wurden im Rhein von den Alpen bis zur Nordsee über 500 Makrozoobenthos-Arten festgestellt. Aspektbildend sind vor allem Weichtiere (Mollusca), Wenigborster (Oligochaeta), Krebse (Crustacea), Insekten (Insecta), Süßwasserschwämme (Spongillidae) und Moostierchen (Bryozoa).
