Für den Rheinhauptstrom wurden die biologischen Qualitätskomponenten nach Wasserrahmenrichtlinie in den Jahren 2005/2006 koordiniert untersucht. Das Kompartiment Fische indiziert die Degradation großräumiger Strukturen, Verlust von Auengewässern, mangelnde Durchgängigkeit, Abflussänderungen (z.B. Aufstau, Entnahme, Ausleitung) sowie thermische Belastungen.
Das Arteninventar im Rhein ist nahezu vollständig: Inklusive der 3 vorkommenden Forellenvarianten und der eingeschleppten Arten wurden 67 Fischarten nachgewiesen. Damit kommen wieder alle historisch verbreiteten Arten vor, mit Ausnahme des Atlantischen Störs.
