Plankton is een verzamelnaam voor in het water zwevende, meestal microscopisch kleine organismen. Eencellige algen, het zogenaamde fytoplankton, vormen hier meestal het gros van de aquatische vegetatie. In 2018 is er in het kader van het Rijnmeetprogramma biologie onderzoek gedaan naar het fytoplankton in de Rijn van het Bodenmeer tot het Deltagebied. De trend op lange termijn laat sinds de jaren tachtig van de vorige eeuw een afname van de fytoplanktonbiomassa zien en correleert met de daling van de nutriëntenconcentraties en de emissie van fytoplankton uit het Bodenmeer.