On entend par plancton des organismes de taille le plus souvent microscopique et flottant dans l’eau. Les algues unicellulaires qui forment le phytoplancton constituent le plus souvent la majeure partie de la végétation aquatique. Le phytoplancton du Rhin a été analysé en 2018 dans le cadre du programme d'analyse biologique 'Rhin' depuis le lac de Constance jusqu’à la zone deltaïque. Dans le long terme, la biomasse phytoplanctonique baisse depuis les années 1980 en corrélation avec le recul des concentrations en nutriments et des apports phytoplanctoniques du lac de Constance.
