Het WAP maakt onderscheid tussen waarschuwingen, informatiemeldingen en zoekacties.
Waarschuwingen worden door de internationale hoofdwaarschuwingsstations (IHWS, zie bijlage 1) op gang gebracht bij verontreiniging van de wateren met watergevaarlijke stoffen die door hun hoeveelheid of concentratie de waterkwaliteit van de Rijn of de drinkwatervoorziening aan de Rijn nadelig kunnen beïnvloeden en/of bij waterverontreinigingen waarvoor het publiek waarschijnlijk veel belangstelling zal hebben.
Informatiemeldingen worden verstuurd om o.a. de IHWS onafhankelijk van de media objectieve, vakkundige en betrouwbare informatie aan de hand te doen. Informatiemeldingen worden via de IHWS ook doorgegeven aan de Rijnoeverstaten, bijv. bij overschrijding van de oriënteringswaarden. Daarnaast wordt de informatie ook gebruikt om de waterleidingbedrijven preventief te informeren.
Zoekacties worden verstuurd om de verantwoordelijke van de verontreiniging van de Rijn op te sporen als terugvindingen niet kunnen worden opgehelderd binnen het bevoegdheidsgebied van het IHWS in kwestie.