Aquatische macrofyten (waterplanten) kunnen worden gebruikt voor de beoordeling van de chemische belasting van stromende wateren. Daarnaast reageren ze ook duidelijk op andere antropogeen veroorzaakte veranderingen in de natuurlijke toestand van stromende wateren. In de hoofdstroom van de Rijn zijn in totaal 36 soorten aquatische macrofyten aangetroffen. Daarbij gaat het om 23 hogere planten (Potamogeton pectinatus en Myriophyllum spicatum komen zeer vaak voor), acht mossen en vijf kranswieren.