Les macrophytes (plantes aquatiques) peuvent être pris en compte pour évaluer la pression exercée par les substances sur les cours d’eau. Ils réagissent également sensiblement aux altérations anthropiques des conditions naturelles de la rivière. On a identifié au total 36 espèces de macrophytes aquatiques dans le Rhin. Il s’agit de 23 végétaux supérieurs (et parmi les plus fréquentes Potamogeton pectinatus et Myriophyllum spicatum), 8 bryophytes et 5 characées.
