De soortensamenstelling en dominantieverhoudingen van het macrozoöbenthos (ongewervelde bodemdieren) zijn een indicator voor de waterkwaliteit en voor de kwantiteit en kwaliteit van de habitatstructuren in het water. Op basis van de steeds grotere aanwezigheid van warmteminnende exoten kunnen er ook conclusies worden getrokken over de thermische verontreiniging. Alles bij elkaar zijn er ruim vijfhonderd macrozoöbenthossoorten waargenomen in de Rijn van de Alpen tot de Noordzee. Typerend zijn vooral weekdieren (Mollusca), borstelarme wormen (Oligochaeta), kreeftachtigen (Crustacea), insecten (Insecta), zoetwatersponzen (Spongillidae) en mosdiertjes (Bryozoa).
