De in de Europese Kaderrichtlijn Water voorgeschreven inventarisatie voor het internationaal stroomgebieddistrict Rijn werd eind 2004 afgerond. Negen staten hebben hiervoor de chemische en ecologische toestand van de rivieren, meren en kustwateren beschreven en op basis van de belastingen ingeschat of de wateren de gestelde milieudoelen zullen bereiken.
De negen werkgebieden in het internationaal Rijndistrict hebben gedetailleerde deelrapporten over de inventarisatie (deel B-rapportages) opgesteld. Deze rapportages gelden nog steeds, omdat er tot dusver geen relevante inhoudelijke wijzigingen hebben plaatsgevonden.
De actuele inschatting van de chemische en ecologische toestand is te vinden in het beheerplan 2022-2027.
Natuurlijk, kunstmatig en sterk veranderd
Ook al kunnen veel waterbouwkundige veranderingen vanwege de gebruiksfuncties die ze vervullen niet ongedaan worden gemaakt, de wateren die deze ingrepen hebben ondergaan moeten ecologisch gezien toch zo volledig mogelijk worden hersteld: er dient te worden gestreefd naar de best mogelijke toestand die de bestaande gebruiksfuncties toelaten. Dit geldt zowel voor sterk veranderde wateren – dus nagenoeg de gehele loop van de Rijn en alle grote zijrivieren – alsook voor kunstmatige wateren, zoals bijv. kanalen of grindplassen. Alleen de Sieg en de bovenloop van de Neckar, de Main, de Moezel, de Saar, de Ruhr, de Lippe en de Overijsselse Vecht hebben nog een grotendeels natuurlijk karakter.