Les oiseaux aquatiques sont de bons indicateurs de la qualité écologique de leurs habitats et nous renseignent ainsi sur l'état et sur l'évolution des biotopes qu'ils fréquentent. En moyenne, la vallée du Rhin a hébergé au cours des hivers 2015/16 à 2017/18 plus de 1,1 million d'oiseaux aquatiques autochtones représentant 70 espèces, dont 25 en effectifs d’importance. En comparant les effectifs d'oiseaux aquatiques sur les six tronçons définis, il apparaît qu'environ la moitié des peuplements se concentrent sur les écosystèmes lacustres du lac de Constance, de l’IJsselmeer, du Markermeer et des Randmeren (lacs de bordure), tandis que l’autre moitié se répartit sur les tronçons du cours du Rhin.
