Les diatomées sont des algues microscopiques unicellulaires. Du fait de leur grande diversité, de leur large extension et de leur sensibilité aux conditions physico-chimiques de leurs habitats, ces espèces algales constituent d'excellents indicateurs biologiques. Un total de 306 espèces de diatomées benthiques a été recensé sur les 47 sites analysés en 2012/2013, ce qui représente une diversité taxonomique très importante même pour un grand fleuve comme le Rhin.