Les macrophytes aquatiques (plantes aquatiques) peuvent être pris en compte pour évaluer la pression exercée par les substances sur les cours d’eau. Ils reflètent également les interventions dans le régime hydrologique et les conditions morphologiques dans le cours d'eau. 49 sites sont analysés dans le cadre du programme d'analyse 2012/2013. Des macrophytes aquatiques sont détectés dans 44 d'entre eux : 27 végétaux supérieurs, 13 mousses et 4 characées.