Au niveau des groupes de travail, la coopération internationale pour la protection du Rhin est assurée par des délégués nommés par chacune des Parties contractantes. Chaque délégation nationale est dirigée par un chef de délégation.
La coopération se fonde sur la Convention pour la Protection du Rhin et sur des directives ou règlements européens qui nécessitent une coordination dans le district hydrographique.
La délégation allemande au sein de la CIPR se compose de représentants des ministères suivants :
Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und nukleare Sicherheit
Bundesministerium für Verkehr und digitale Infrastruktur
et de représentants des Länder fédéraux dans le bassin allemand du Rhin.
La délégation de la Communauté Européenne au sein de la CIPR se compose de représentants de la DG ENV de la Commission Européenne.
La délégation française au sein de la CIPR se compose de représentants des ministères suivants :
Ministère des Affaires Etrangères
Ministère de la Transition écologique et solidaire
ainsi que de représentants de l’Agence de l’eau Rhin-Meuse.
La délégation luxembourgeoise au sein de la CIPR se compose de représentants des ministères suivants :
Ministère de L'Environnement,du Climat et du Développement durable.
La délégation néerlandaise au sein de la CIPR se compose de représentants des ministères suivants
Ministerie van Infrastructuur en Milieu
Ministerie van Buitenlandse Zaken.
La délégation suisse au sein de la CIPR se compose de représentants des ministères suivants :
Eidgenössisches Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation
Eidgenössisches Departement für auswärtige Angelegenheiten.