La présidence de la Commission change tous les trois ans. L’Assemblée plénière se tient une fois par an en même temps que le Comité de coordination Rhin. Elle est l’instance décisionnelle de la Commission. Des groupes de travail et groupes d’experts, dotés d’un mandat permanent ou temporaire, traitent toutes les questions techniques pour le compe du Groupe stratégique, qui prépare l’Assemblée plénière. Les activités des groupes couvrent les volets de la qualité des eaux et émissions, eaux souterraines comprises, de l'écologie et des inondations et etiages. Des groupes d’experts assistent les groupes dans leurs travaux. Par ailleurs, les Groupes de travail internationaux sont assistés par des comités nationaux.

Les Conférences ministérielles sur le Rhin prennent des décisions sur des questions politiques majeures qui engagent les gouvernements.

La structure de travail actuelle de mise en œuvre de la Convention pour la Protection du Rhin et pour la coordination des directives européennes au sein du district hydrographique international Rhin figure dans l’organigramme ci-dessous.